Variasi Intraspesies Lactobacillus plantarum (Orla-Jensen) Bergey et al. Asal Sayur Asin Berdasarkan Analisis Molekuler

Analisis intraspesies L. plantarum dari sayur asin di Indonesia dengan menggunakan pendekatan molekuler merupakan penelitian yang baru pertama kali dilakukan. Tiga teknik molekuler yaitu: restriction fragment length polymorphism (RFLP) 16S-23S rDNA intergenic spacer region (ISR), random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction (RAPD-PCR) dan enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC-PCR) digunakan untuk mengetahui keragaman intraspesies L. plantarum. Penelitian ini bertujuan untuk membedakan 46 isolat L. plantarum yang diisolasi dari sayur asin dan strain tipe-nya. Amplifikasi PCR 16S-23S rDNA ISR menghasilkan dua pita DNA dengan panjang 800 dan 600 bp spesifik pada lactobacilli. Hasil penelitian menunjukkan produk RAPD-PCR dan ERIC-PCR dapat digunakan untuk membedakan polimorfisme genetik antara isolat L. plantarum asal sayur asin berdasar pada jumlah dan panjang pita DNA hasil amplifikasi. Amplifikasi RAPD-PCR menghasilkan pita DNA sebanyak 4-10 buah dengan panjang 360-2620 bp dan amplifikasi ERIC-PCR menghasilkan pita DNA sebanyak 6-12 buah dengan panjang 160-2900 bp. Dendograms hasil analisis kluster menggunakan metode UPGMA pada data RAPD-PCR dan ERIC-PCR menunjukkan L. plantarum dikelompokkan menjadi tiga kelompok dengan derajat kemiripan genetik masing masing 74 persen dan 68,6 persen. Hasil penelitian mengungkapkan bahwa strain L. plantarum yang diisolasi dari sayur asin terbagi menjadi tiga kelompok genotip. Jurnal Biologi Indonesia, 2015, Vol. 11, 121-130