Deteksi polimorfisme gen growth hormone (GH-MspI) pada sapi Sumba Ongole (SO)

Anwar S, Agung PP, Wulandari AS, Sudiro A, Said S, Tappa B. 2015. Deteksi polimorfisme gen growth hormone (GH-MspI) pada sapi Sumba Ongole (SO). Pros Sem Nas Masy Biodiv Indon 1: 398-403. Deteksi polimorfisme suatu gen penting dilakukan untuk memperoleh informasi awal dalam identifikasi penanda genetik yang berhubungan dengan sifat-sifat ekonomis yang diinginkan. Gen growth hormone telah digunakan sebagai kandidat genetik marker yang berhubungan dengan sifat-sifat pertumbuhan pada sapi potong. Sapi Sumba Ongole (SO) (Bos indicus) dari Pulau Sumba, Nusa Tenggara Timur, Indonesia memiliki potensi genetik sebagai bangsa sapi potong lokal unggul. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi adanya polimorfisme gen GH-MspI pada sapi SO. Polimorfisme gen GH-MspI dideteksi menggunakan metode PCR-RLFP dan dilanjutkan dengan analisis sekuensing. Referensi sekuen gen GH-MspI yang digunakan pada penelitian ini berasal dari GenBank (EF592534). Fragmen spesifik dari Gen GH-MspI (1072 pb) telah berhasil diamplifikasi dengan suhu annealing 57°C. Fragmen DNA hasil amplifikasi dipotong menggunakan enzim restriksi MspI dan divisualisasi menggunakan gel elektroforesis untuk identifikasi genotipe. Polimorfisme GH-MspI terdeteksi dengan ditemukannya tiga varian pola potongan DNA. Analisis alignment sekuen berhasil menemukan dua titik mutasi. Mutasi pertama berupa substitusi nukleotida Thymine (T) menjadi Cytosine (C) di intron 3 (1047T>C) dan mutasi kedua berupa insersi nukleotida C di intron 4 (1395_1396insC). Penemuan titik mutasi pertama dan kedua tersebut membuktikan adanya variasi sekuen gen GH dalam satu bangsa (within breed) dan antar bangsa sapi (between breed).